Fue ideada por Bobby Henderson, licenciado en física de la Universidad Estatal de Oregón, para protestar por la decisión del Consejo de Educación del Estado de Kansas adoptada a finales de 2005, de permitir la enseñanza del diseño inteligente en las escuelas públicas como alternativa de la teoría de la evolución. Esto es, explicar el creacionismo en lugar del evolucionismo. Henderson, como protesta, optó por enviar una carta abierta al Consejo en la que parodiando el concepto de diseño inteligente, expresaba su fe en una deidad creadora sobrenatural, semejante a una enorme bola de espagueti con albóndigas y exigía su derecho a explicar en las escuelas este modo de ver la creación al igual que pedían los creacionistas.
Grupos de ateos y agnósticos, denominados por los pastafarianos «espagnósticos«, consideran el argumento del «Monstruo de Espagueti Volador» como una versión adaptada de las teorías de la tetera de Russell o la del Unicornio rosa invisible.
