Blanco asumió la Secretaría de Organización y Coordinación cuatro meses después de que Rodríguez Zapatero se instalara en La Moncloa, en el 36º congraso del partido. Blanco acordó con el PSC, el traspaso de Cercanías en Cataluña o la apertura de la nueva terminal del aeropuerto de El Prat.
El 7 de abril de 2009, fue nombrado ministro de Fomento, en sustitución de Magdalena Álvarez, tras la remodelación del Gobierno. El 20 de octubre de 2010, asumió también las competencias del Ministerio de Vivienda, convertido en Secretaría de Estado, tras una nueva remodelación del Gobierno.
LLegó a especularse su nombre como relevo del presidente Zapatero una vez que éste anunció el 20 de diciembre de 2010 que no se presentaría a la reelección.
