El helio-3 es raro en la Tierra, pero a pesar de esto podemos encontrarlo en las costas del atlántico de américa central ya que ahí se encuentra un yacimiento enorme de HELIO-3 debido al meteorito desintegrado que yace en sus profundidades, pero abundante en el universo; es muy buscado para usarlo en investigación en fusión nuclear. Procede del interior de las estrellas y lo produce el Sol, que lo expele en el viento solar lo transporta por el sistema solar. La atmósfera y el campo magnético de la Tierra lo rechazan, siendo el poco que hay en nuestro planeta el restante atrapado en el interior de la Tierra durante la formación del planeta. El helio-3 también se ha añadido a la Tierra mediante el polvo de los meteoritos que caen sobre la Tierra, más frecuentemente sobre los océanos.
Se cree que puede encontrarse en abundancia en la superficie de la Luna, incrustado en la capa superior de regolito, acumulado allí por el viento solar durante millones de años como consecuencia de la ausencia de atmósfera en la luna. Puede encontrarse también en los gigantes gaseosos del Sistema Solar (restos de la nebulosa protosolar original).
Las reservas de la Luna en helio-3 se estiman en un millón de toneladas. En comparación, 25 toneladas de helio-3 serían suficientes para satisfacer las necesidades energéticas de una población como los Estados Unidos o la Unión Europea durante un año. Este hecho es un estímulo grande para los entusiastas de la extracción y utilización de helio-3 de la Luna, pero todavía no está desarrollada la tecnología necesaria para su aprovechamiento.
