Las islas Yap fueron el centro de un área cultural que iba desde las islas Palau hasta las islas Chuuk. De este periodo quedan numerosas ruinas y el conocido uso de los discos de piedra como moneda. Probablemente fueron vistas por los portugueses en 1526, pero las islas Yap quedaron oficialmente bajo dominio español después de ser descubiertas de nuevo por el español Francisco Lazeano en 1686.
En agosto de 1885, durante la crisis de las Carolinas fue ocupada por Alemania y restituida a España en diciembre por mediación papal, cediéndole ésta a Alemania una estación naval que se convertiría en centro de comunicación naval alemán hasta la primera guerra mundial. En septiembre de 1914 fue ocupada por las tropas japonesas y fue cedida a Japón en el Tratado de Versalles en 1919.
Durante la segunda guerra mundial la isla se convirtió en campo de batalla entre Japón y EEUU. Al final de la guerra Yap fue ocupada por las tropas estadounidenses. Estados Unidos mantuvo la administración de la isla como la del resto de las Carolinas bajo un fideicomiso de las Naciones Unidas, elTerritorio en Fideicomiso de las Islas del Pacífico hasta 1986 que pasaron a tener un estatus de mas autonomía. El 22 de diciembre de 1990, Yap,Chuuk, Pohnpei y Kosrae se independizaron formando la Federación de estados de Micronesia.
